Baltijas jūrā ir dažāda veida aizsargājamās teritorijas. Dažu teritoriju izveidi kā, piemēram, Baltijas jūras aizsargājamās teritorijas (Baltic Sea Protected Areas - BSPAs) un Putniem nozīmīgas vietas (Important Birds Areas - IBAs), ir ierosinājušas tādas starptautiskas organizācijas kā HELCOM un BirdLife. Šo teritoriju galvenais mērķis ir nodrošināt dabas vērtību saglabāšanos starptautiskā līmenī, un tās ir nozīmīgas visai Baltijas jūrai.